临床案例首次使用宏基因组测序技术检测

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简介

54岁男性,因右手第1、3掌指关节新发肿胀,进行性疼痛16天就诊于医院感染病科。患者在患病前没有任何局部创伤、呼吸系统紊乱或发热的症状,有口服皮质类固醇治疗系统性红斑狼疮(SLE)的病史。发病后,患者在没有医生建议的情况下增加了类固醇的剂量。手部CT显示第1和第3节MCP关节肿胀伴半脱位,入院时关节穿刺获得的化脓性抽吸物(总共约3ml)被送往微生物实验室进行常规微生物培养,同时送往测序实验室进行mNGS检测。在关节抽吸液中,通过培养检测到金黄色葡萄球菌。宏基因组测序(mNGS)则发现了军团菌和金葡菌的序列信息,然后通过16SrRNA序列分析证实了其存在。口服左氧氟沙星54天后,患者症状改善,血常规检查结果改善,与mNGS检出序列数的动态变化趋势一致(检出序列数下降)。本病例显示了mNGS在关节肿胀中的病因诊断和半定量监测的应用价值。mNGS作为一种快速、准确的病原学诊断和监测工具,有助于抗菌药物的合理应用和及时调整。

01丨现病史

患者,男性,54岁,患病9天时就诊于风湿免疫科,初步检查发现白细胞计数为13.39×10^9/L,中性粒细胞比例为93.1%,血沉(ESR,52mm/h)略有增加,C-反应蛋白(CRP,.4mg/L)显著增加,降钙素原(PCT)未检出,自身抗体水平与以前相似(ANA1:,dsDNAIU/mL)。手部CT显示第1和第3节MCP关节肿胀伴半脱位。

患者系统性红斑狼疮病情稳定,有感染的可能,风湿病临床医生要求减少皮质类固醇用量并使用正常剂量的左氧氟沙星,稍微缓解了关节症状。

当天住进感染病房,未出现发热现象并且血压正常。患者MCP关节肿胀较周围组织有发热情况,尤其是第三节MCP关节。血液检查显示白细胞增多(白细胞计数19.79×10^9/L,中性粒细胞比例90.9%,血沉78mm/h,CRP.1mg/L,PCT0.33ng/mL)。入院时关节穿刺获得的化脓性抽吸物(总共约3ml)被送往微生物实验室进行常规微生物培养,同时送往测序实验室进行mNGS检测。

02丨辅助检查

手部CT显示第1和第3节MCP关节肿胀伴半脱位。

03丨mNGS检测结果

取化脓性抽吸物在BGISEQ-平台进行宏基因测序(mNGS)检测,24小时后报告显示米氏军团菌条序列(覆盖度76.05%)、金黄色葡萄球菌条序列(覆盖度2%)、迪莫夫军团菌条序列(覆盖度0.%)、嗜肺军团菌31条序列(覆盖度0.%)。通过16srRNA序列证实了米氏军团菌的存在,并且在60小时后,在培养基中证实了金黄色葡萄球菌的存在。患者继续口服左氧氟沙星6天后病情好转,再次送检mNGS检测,仍发现军团菌和金黄色葡萄球菌。与第一次检测结果相比,大多数细菌的序列数显著下降,这与症状缓解以及其他实验室检测结果变化一致。54小时后,常规培养再次报告单一的金黄色葡萄球菌。病人继续60天的口服左氧氟沙星治疗。8周后,病人再次到门诊部就诊,几乎完全康复。

04丨最终诊断结果

由米氏军团菌和金黄色葡萄球菌混合感染引起的化脓性关节炎。

05丨讨论

本报告描述了一个由米氏军团菌和金黄色葡萄球菌混合感染引起的化脓性关节炎病例。军团菌病在美国和欧洲的发病率一直在增加,其中年至年,美国增长了3.5倍。军团菌的典型传播方式是吸入气溶胶而导致肺炎。军团菌引起的肺外感染比较少见,主要为人工瓣膜心内膜炎(5例)、肾盂肾炎(6例)、鼻窦炎(7例)和蜂窝织炎(8例)。另外,军团菌也可以引起伤口感染,并且军团菌引起的肺外感染大多发生在免疫功能低下的个体中。宏基因组测序技术(mNGS)是病原学检测的新手段,也是目前感染领域的热点。作为非培养技术,mNGS能大大缩短检测所需时间,无偏性地检测所有病原体种类。

回顾既往军团菌关节炎病例,连同本例共有11例。而本病例是首次使用宏基因组测序技术对米氏军团菌和金黄色葡萄球菌混合感染引起的化脓性关节炎进行了检测。通过宏基因组测序技术,不仅明确了感染病原体,还对治疗效果进行了半定量监测。

参考文献

HuangYingnan,MaYuyan,MiaoQingetal.LegionellamicdadeiArthritiscausedbyand:metagenomicnext-generationsequencingprovidesarapidandaccurateaccesstodiagnosisandsurveillance.[J].AnnTranslMed,,7:.

作者:李浩

编辑\校审:孙经梦、赵晓晶

唯菌论

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